После переполнения файловой системы, elastic автоматически переводит индекс в режим read only.

После увеличения свободного пространства на диске отключить это режим для конкретного индекса можно при помощи следующей команды:

PUT app-index-2019.08.12/_settings
{
  "index": {
    "blocks": {
      "read_only_allow_delete": "false"
    }
  }
}

Если в режим только для чтения переведены и системные индексы, например .kibana. Тогда команда будет выглядеть так:

PUT _settings
{
  "index": {
    "blocks": {
      "read_only_allow_delete": "false"
    }
  }
}

Эти команды можно ввести в Kibana в разделе Dev Tools

Или в командной строке:

curl -XPUT -H "Content-Type: application/json" http://localhost:9200/_all/_settings -d '{"index.blocks.read_only_allow_delete": false}'